非適格合併とは、合併法人の株式以外の資産を合併対価とするような場合のことを指します。このときの資産の移転ですが、原則的には時価で譲渡されたものとして譲渡損益が計上され、所得額の計算上益金または損金額に算入されることになっています(法法62)。ただし、グループ会社内においての非適格合併による譲渡損益調整資産の移転の場合については、譲渡損益は繰延べの対象となるので注意が必要です(法法61の13(1))。
また、被合併法人が非適格合併による譲渡損益調整資産の移転について譲渡損益の繰延制度の適用を受けた場合ですが、このとき譲渡損益調整資産にかかる譲渡利益額に該当する金額は合併法人の譲渡損益調整資産の取得価額に算入しません。ただし譲渡損益調整資産にかかる譲渡損失額に該当する金額は合併法人の譲渡損益調整資産の取得価額に算入します。よってグループ内の非適格合併においてですが、譲渡損益調整資産については被合併法人で譲渡損益を計上しないで帳簿価額で移転することになります。